発芽の良否を左右する一般的な原因は、いくつか考えられます。播種から発芽までの間に用土を乾燥させすぎたか、あるいは湿潤すぎたか。播種期の気温が発芽に適した温度域だったか。光発芽性や暗発芽性など発芽に光が関係する植物の場合は覆土が適切であったか。タネにも寿命があるため、タネの有効期限内にまいたかなどが挙げられます。

　質問では例年失敗なしに発芽していたということなので、先に挙げた生理的原因ではなく、単発的な病害虫によるものと思われます。

　病気としてはヒマワリ立枯れ病などがありますが考えにくいでしょう。それよりもナメクジやネキリムシなど、害虫による食害ではないでしょうか。発芽（出芽）した新芽を跡形なく食べられて発芽しなかった可能性が高いです。これを防ぐには周辺に専用の殺虫剤をまいて駆除、予防します。また、ヒマワリのタネは比較的大きく、鳥が好んで食べますので鳥害も想定されます。この場合は覆土でタネが露出しないようにし、防鳥網などで防ぐことも有効でしょう。