ハボタンのタネまきは真夏の高温期なので、風通しがよくなるべく涼しい場所で管理し、発芽を始めるまでは遮光などをした所に置きます。タネまき後２～３日で発芽を始めるので、発芽したら遮光を半分くらいにし、発芽が揃えば遮光を外します。

　発芽直後は幼軸が徒長しやすいので、よく日光の当たる所に置き、水分過多にならないよう、表土が乾けば水を与えます。強光の下で土壌水分があってもしおれてくるような場合や、小さいポットや排水のよい土で植えたものは、強光線と地温の上昇を和らげるために遮光率の少ない寒冷紗などをかけてやります。

　この場合はできるだけ高い位置に寒冷紗を置き、周辺の反射光や散光が当たるようにします。本葉が３～５枚の時に２．５～３号ポットに鉢上げします。底から根が出てくれば３．５～４号ポットへ鉢増しし、大株に作るならさらに大きなポットに鉢増しします。

　ハボタンは本葉が２枚くらいになると肥料を与え始めますが、チッソ分の多いものは徒長しやすいのでリン酸やカリ分の多い肥料を用います。気温が15℃以下になると発色を始めますが、この時期に肥料が効いていると発色が悪くなるので、９月中下旬以降は様子を見て液肥などを与えます。生育中期以降に緩効性肥料を用いると肥効が残るので、生育後半は即効性の肥料や液肥を用いる方がよいでしょう。

　ハボタンの育苗時期はチョウがよく飛んでおり、アオムシ類の発生が多いので葉に穴が開いていないかよく確認し、食害を防ぐため早期発見、早期防除を心掛けます。このために浸透移行性殺虫剤の利用は作業の省力化と予防的防除に効果があります。