タマネギの保存の基本は、腐りにくいタマネギに仕上げることです。早生の品種は玉の鱗葉が厚く、やわらかで水分も多いため腐りやすく、また休眠も早く破れ、芽が伸長し、貯蔵性が劣ります。その点、晩生の品種は長期貯蔵に向きます。栽培に当たっては品種の選択と、チッソ肥料の遅効きを避けることです。収穫は、葉が70～80％程度倒れたころが適期となります。収穫の時期を逃して長く畑に置きすぎたものや、早どりしたものは貯蔵性がよくありません。適期に晴天の日を見計らって収穫し、２～３日地干しします。表皮を十分乾燥させることで、その後の腐敗をかなり抑えることができます。

　葉つきタマネギは数個をまとめて葉を縛り、風通しのよい日陰でつり、貯蔵します。葉を切り落とした玉はネットなどに６～７個ずつ入れてつるし、保存することもできます。貯蔵中もよく乾燥させ、カビやバクテリアによる腐敗を防ぎますが、腐敗玉が発生したら、すぐに除去して被害が広がらないよう注意してください。