ゴボウの根は土中に障害がなければ１ｍくらいまでまっすぐ伸びますが、途中に小石や肥料のかたまり、未熟堆肥等が多くある時や、作土が浅く下の層が固い場合等障害があると分岐しやすくなります。

　そのほか岐根になる理由として、生育初期の過湿による根傷みが考えられます。またネコブセンチュウが根の先端部から侵入し、根部が分岐して直根にならなかったり、根の表面の所々に黒斑状のえそ部を生じたりします。

　さらにネグサレセンチュウの被害を最もよく受ける作物で、主根の先端が根腐れをおこし岐根となり、連作により年々ひどくなります。

　栽培に当たっては、他の作物との輪作に努め、有効土層１ｍ以上の畑を選び、十分深く耕して土のかたまりを砕いておき、畝立てをして排水をよくします。また、なるべく前作に、１坪当たり完熟堆肥10㎏、炭酸苦土石灰3 0 0ｇを施用し、よく混和しておきます。